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Tuberculose
Bactériologie

Créé le 08/03/2000 Auteur : A. Taytard (Mis à jour le 03/04/2012)
Révisé le 03/04/2008 J. Texier-Maugein  
     

1/ Il n'y a pas de tuberculose sans BK
Il faut mettre en œuvre tous les moyens permettant de trouver le BK

Prélèvements : répétés, 3 en moyenne
  méthodes

expectorations spontanées : examen de référence chez tout sujet qui crache ; définit la contagiosité (sensibilité de la microscopie optique)
expectoration provoquée
tubages gastriques (matin à jeun)

endoscopie bronchique (± LBA)
autres sites anatomiques

       plèvre bactériologie
                 chimie (protides, glucose)
                 cytologie (lymphocytose)
                 biopsie (histologie, culture)

  
Examen direct : bacilles acido-alcoolo-résistants
Coloration de Ziehl-Nielsen bâtonnets de couleur rouge (coloration à la fuschine)
Coloration à l'auramine O   bâtonnets de couleur jaune-vert (fluorochrome)
   Spécificité : environ 100 %
   Sensibilité : 40 à 55 % selon les laboratoires (il faut au moins 103-4 bacilles/mL pour être positif).
Ne permettent pas de distinguer le BK des mycobactéries atypiques ; mais, compte tenu du rapport de fréquence, il s'agit presque toujours de BK.
PCR mycobactéries du complexe tuberculosis, du complexe aviaire et M. Kansasii (3 jours)
   moins sensible que la culture
   sensibilité proche de 100 % si examen direct positif (prélèvement riche en bacilles)
   sensibilité de 50 à 60 % si examen direct négatif ; sensibilité encore inférieure pour les prélèvements extra-pulmonaires (non recommandé en cas d'examen bactériologique négatif (B)
   valeur prédictive négative > 90 % dans toutes les situations
   valeur prédictive positive : 50-80 % sur des populations sélectionnées (service de pneumologie) ; 20-50 % sur des populations non sélectionnées
   faible spécificité pour détecter une tuberculose active car infection ne signifie pas maladie
      si négatif : pas d'infection tuberculeuse actuelle ou ancienne
      si positif : Tuberculose actuelle ou
                       Infection ± maladie ancienne ± traitée
   coût élevé
      donc : 3 indications reconnues
      - sujets profondément immuno-déprimés (HIV+, SIDA...), en particulier avec ganglions intra-thoraciques suspects de tuberculose
      - exclusion d'un diagnostic de tuberculose devant une lésion évocatrice
      - écarter une mycobactérie atypique devant une résistance au traitement anti-tuberculeux bien mené
 

Sur 100 tuberculeux avec cultures positives de l'expectoration, 40 étaient négatifs à l'examen direct importance de la culture et d'autres méthodes de recherche du BK en cas d'urgence ?

  
Culture :
   milieux liquides : MGIT, Bact'Alert ; pousse en 5 à 15 jours
   milieux solides : milieu de Löwenstein, Jensen et Coletsos ; détection des colonies après 3 à 5 semaines en fonction de la richesse en bacilles du prélèvement initial
 
Identification de la mycobactérie
   à partir de milieux liquides ou solides
   GenProbe : réaction d'hybridation ; résultat en 2h complexe tuberculosis et 3 types de mycobactéries atypiques
   INNOLiPA et GenoType : PCR + hybridation ; résultat en 2h
  
Antibiogramme :
    sur milieux liquides : 1 à 2 semaines après isolement
    sur milieux solides : 3 à 4 semaines après isolement

    détection de la résistance à la RIFAMPICINE (technique INNOLiPA) et à l'INH (MTBDR - Hain) par biologie moléculaire

   taux de résistances : fonction du nombre de souches de BK porteuses d'une résistance chromosomique dans la population de BK considérée, et de la sélection par les antibiotiques (méthode des proportions)
  
Devant tout sujet qui crache et qui est suspect de tuberculose on prescrit
prélèvement de l'expectoration
   examen direct
   culture
   antibiogramme
   
 
2/ Ne pas retrouver le BK n'exclut pas la tuberculose
Quand la condition 1 a été remplie
     on traite chaque fois qu'il y a forte probabilité et/ou risque de gravité
Devant une miliaire ou une méningite qui ne fait pas sa preuve
     "suspecter une tuberculose, c'est l'adopter"

Tests de détection de l'interféron g
La positivité signe l'existence d'un contact avec le bacille.

2 tests commercialisés :
QuantiFERON-TBâ
: ESAT 6 ; CFP 10 ; Tb7.7 (test ELISA simple) (protéines spécifiques de Mycobacterium tuberculosis)
T-SPOT.TBâ : ESAT 6 ; CFP 10 (laboratoire spécialisé)
Mise en évidence in vitro de la réponse immunitaire (Th 1) vis à vis de M tuberculosis : après stimulation par des protéines mycobactériennes les lymphocytes T spécifiques de M tuberculosis sécrètent des cytokines de type TH1 dont l'IFNg.
3 protéines retenues : Early secreted antigenic target 6kDa protein (ESAT-6), Culture filtrate protein 10 (CFP-10), tuberculosis 7.7 (Tb 7.7).
Ces protéines ne sont pas retrouvées avec le BCG, existent avec M kansasii, M szulgai, M marinum et quelquefois avec M leprae ; elles sont absentes des autres mycobatéries.
Avantages
  pas de 2ème consultation pour interpréter le résultat du test (IDR), le malade n'a pas à revenir
  différencie M tuberculosis et BCG, M tuberculosis et M avium
  utilisable chez les patients VIH même si CD4 < 200 c/µl (T.SPOT-TBâ)
  meilleure spécificité (malades vaccinés par le BCG) : 90-100 %
  sensibilité : 80-90 % ; diminuée chez les malades immuno-déprimés, chez les enfants de moins de 5 ans
  évite le phénomène de "boost" observé après des IDR répétées
  forte valeur prédictive négative (Kobashi, 2006), réduisant le nombre de patients à traiter lors de dépistages (Diel, 2007).
Inconvénient
  nécessite un laboratoire équipé
  coût élevé
  croisement possible entre M tuberculosis et quelques autres mycobactéries

Utile dans quatre indications (HAS) :
   diagnostic de tuberculose infection latente uniquement chez les adultes (de plus de 15 ans) ; le test mesure plutôt une infection récente (< 2 ans) alors que l'IDR reflète plutôt une exposition ancienne éventuellement protectrice contre une tuberculose maladie ; à privilégier lors du dépistage autour d'un sujet contagieux ; si le test est négatif, le répéter à 3 mois ;
   lors de leur embauche, pour les professionnels de santé ou les personnes travaillant dans des services à risques dans les mêmes conditions que celles préconisées par les recommandations sur l’IDR ; il pourra servir au suivi de ces personnels ;
   aide au diagnostic des formes extra pulmonaires de la tuberculose-maladie ;
   avant la mise en route d’un traitement anti-TNF alpha dans les mêmes conditions que les recommandations de l’Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé.
Chez les sujets immuo-déprimés, mieux vaut associer plusieurs tests dont l'IDR.
Ce test trouve sa place en remplacement de l’IDR, pour ces quatre indications.
S’il est positif, sous réserve des autres éléments disponibles, il pourra mener à la mise en route d’un traitement anti-tuberculeux ; mais il ne pemet pas de distinguer entre tuberculose maladie et tuberculose latente.
Sa négativité n'écarte pas le diaagnostic de tuberculose maladie.
Son utilisation dans le liquide pleural est peu peformante.

Réf
Chee CBE, KhinMar KW, Gan SH, Barkham TMS, Pushparani M, Wang YT. Latent Tuberculosis Infection Treatment and T-Cell Responses to Mycobacterium tuberculosis–specific Antigens. Am J Respir Crit Care Med 2007;175:282-7
Diel R, Wrighton-Smith P, Zellweger JP. Cost-effectiveness of interferon-g release assay testing for the treatment of latent tuberculosis. Eur Respir J 2007;30:321-32
HAS. Test de détection de la production d'interféron g pour le diagnostic des infections tuberculeuses. décembre 2006
Kobashi Y, Obase Y, Fukuda M, Yoshida K, Miyashita N, Oka M. Clinical reevaluation of the QuantiFERON TB-2G test as a diagnostic method for differentiating active tuberculosis from nontuberculous mycobacteriosis. Clin Infect Dis 2006;43:1540-6
Mazurek GH, Jereb J, Lobue P, Iademarco MF, Metchock B, Vernon A. Guidelines for using the QuantiFERON-TB Gold test for detecting Mycobacterium tuberculosis infection, United States. MMWR Recomm Rep 2005;54:49-55

Nouveaux tests en mycobacteriologie

Identification du complexe tuberculosis à partir d’une culture

Technique d’immunochromatographie qui permet l’identification du complexe tuberculosis à partir d’une culture en milieu liquide ou solide en 15 minutes. Technique basée sur la détection de la fraction protéique mycobactérienne MPT64 sécrétée pendant la culture.
Trois kits commercialisés, BD MGIT TBc identification test, SD Bioline TB Ag MPT64 et OREA MPT64. La concordance avec les autres techniques d’identification varie de 99 à 100 % selon les études.

Détection du complexe tuberculosis à partir de l’échantillon direct en 2h30

Technique GenoQuick MTB. Les différentes étapes du test sont :
l’extraction d’ADN, réalisée en  20 minutes à l’aide du kit GenoLyse,
l’amplification (2 heures)
Le produit d’amplification fixé  sur une bandelette est visualisé grâce à un marquage à l’or en 10 minutes.

Détection du complexe tuberculosis et de la résistance à l’antibiotique à partir de l’échantillon direct

Il existe actuellement deux techniques commercialisées 
Xpert MTB/Rif : technique de PCR en temps réel
   Détection du complexe tuberculosis
   Détection de la résistance à la rifampicine par détection des mutations les plus fréquentes. La cible est une région de 81pb du gène rpoB.
Peut être réalisée à partir des échantillons positifs à l’examen direct, mais aussi des échantillons négatifs. Dans le 1er cas la sensibilité est proche de 100 % dans le 2ème cas de 70 % seulement (Boehme, 2010 ; Helb, 2010).
Résultats obtenus en 2H (préparation de l’échantillon et amplification).
Il s’agit d’une technique très facile à mettre en œuvre dans les laboratoires de routine, mais qui demande un appareillage particulier et le coût du test est élevé.

GenoType MTDR plus et GenoType MTDR sl
   Détection du complexe tuberculosis
   Détection de la résistance à la rifampicine, INH, fluoroquinolones, aminosides et éthambutol par détection des mutations les plus fréquentes.
Peut être réalisée à partir des échantillons positifs à l’examen direct ou des cultures en milieu liquide ou solide.
Résultats obtenus en 5 H (préparation de l’échantillon, amplification et hybridation). Les taux de détection de résistance à la rifampicine et à l’INH sont respectivement de 97 et 90 % à partir des échantillons cliniques (Hilleman, 2007)
Cette technique demande plus d’heures et de manipulation, mais son coût est peu élevé.

Réf
Boehme CC, Nabeta P, Hillemann D, Nicol MP, Shenai S, Krapp F, Allen J, Tahirli R, Blakemore R, Rustomjee R, Milovic A, Jones M, O'Brien SM, Persing DH, Ruesch-Gerdes S, Gotuzzo E, Rodrigues C, Alland D, Perkins MD. Rapid molecular detection of tuberculosis and rifampin resistance. N Engl J Med. 2010;363:1005-15
Helb D, Jones M, Story E, Boehme C, Wallace E, Ho K, Kop J, Owens MR, Rodgers R, Banada P, Safi H, Blakemore R, Lan NT, Jones-López EC, Levi M, Burday M, Ayakaka I, Mugerwa RD, McMillan B, Winn-Deen E, Christel L, Dailey P, Perkins MD, Persing DH, Alland D. Rapid detection of Mycobacterium tuberculosis and rifampin resistance by use of on-demand, near-patient technology. J Clin Microbiol. 2010;48:229-37
Hillemann D, Rüsch-Gerdes S, Richter E Evaluation of the GenoType MTDRplus Assay for rifampin and isoniazid susceptibility testing of Mycobacterium tuberculosis strains and clinical specimens. J Clin Microbiol 2007;45:2635-40
Truffot-Pernot C, Veziris N. Les tests bactériologiques de la tuberculose maladie : standards et perspectives. Rev Mal Respir 2011;28:1034-47

Génotypie de Mycobacterium tuberculosis

Virulence de Mycobactérium tuberculosis

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