Les mycobactéries non tuberculeuses (MNT)

Les mycobactéries non tuberculeuses (MNT) sont très nombreuses ; elles sont rarement pathogènes chez le sujet non immunodéprimé.

 Mycobactéries responsables de manifestations respiratoires, cutanées, génito-urinaires, ganglionnaires et ostéo-articulaires
 

D'après B. Dautzenberg

Il existe plus de 125 espèces connues de mycobactéries capables de donner des maladies humaines.
Elles peuvent toucher le poumon, la peau et les tissus mous, les plaies chirurgicales, le système digestif et urinaire.

Les espèces les plus fréquentes sont
- le complexe mycobaterium avium qui inclut mycobaterium avium (plutôt infections disséminées) et mycobacterium intracellulare (plutôt infections respiratoires)
- M kansasii
Ces 2 espèces sont responsables de près de la moitié des infections mycobactériennes.
- M gorgonae, M chelonae, M fortuitum, M abscessus.
Toutes ces mycobactéries, non tuberculeuses, sont regroupées sous le nom de Mycobactéries atypiques (parce que différentes de M tuberculosis et M bovis).
Elles sont environnementales et isolées habituellement de sources d'eau stagnantes naturelles ou à l'intérieur des domiciles (aérosols d'eau contminée : douches) qui sont les principaux réservoirs des maladies humaines.

Celles que l’on retrouve le plus fréquemment dans les maladies pulmonaires chez l’homme sont :
	Complexe Mycobacterium avium (environ 80 %)
	Mycobactéries à croissance rapide (M fortuitum, M abscessus, M chelonae) (environ 10 %)
	Mycobacterium xénopi (environ 5 %)
	Mycobacterium kansasii (environ 5 %)

Les manifestations pulmonaires représentent entre 70 et 90 % des cas des mycobactérioses à MNT.

Ces mycobactéries se développent rarement sur poumon sain.
Le plus souvent on retrouve une pathologie pulmonaire sous-jacente (pneumoconiose, séquelles de tuberculose, BPCO, DDB) ou une immunodépression ; comparé au poumon sain : OR = 18 (IC 95 % : 4.9-64 ; p < 0.001).
bilan minimum à entreprendre en cas de découverte d'une mycobactérie atypique : bilan pneumologique ; numération/formule sanguine ; sérologie VIH. 
Elles s’observent le plus souvent chez la femme ; chez l’homme on retrouve l’alcoolisme.
Le mode de transmission à l'homme n'est pas clair mais la transmission interhumaine semble être rare, au moins chez les sujets immunocompétents.
On ne sait pas pourquoi certains individus infectés deviennent malades et font telle ou telle forme de la maladie.

Clinique
Les MNT touchent surtout les sujets de plus de 60 ans.
On distingue 3 formes pulmonaires
forme nodulaire fibreuse/cavitaire (tuberculose-like) : touche surtout l'homme entre 40-50 ans ; facteurs de risque : tabagisme, BPCO, alcool ; toux, hémoptysie, symptômes généraux ; atteint surtout les lobes supérieurs.
forme nodulaire bronchectasique : femme âgée (moyenne 70 ans) sans antécédent pulmonaire ; peu de tabac et d'alcool ; morphotype particulier : maigre, pectus excavatum, cyphoscoliose, hyperextensibilité articulaire, prolapsus de la valve mitrale (syndrome de Lady Windermere : DDB et petits nodules du lobe moyen ou de la lingula chez une femme d'âge moyen ou âgée, non fumeuse) ; toux ; aspergillose plus fréquente.
pneumopathie resssemblant à une PNPT d'hypersensibilité : "hot tub lung" (syndrome des jacuzzis et spas) ; liée à l'activité de l'infection et à la réaction inflammatoire ; toux, dyspnée et fièvre sub-aiguë ; patients plus jeunes, non fumeurs ; granulomes non nécrosants et pneumonie organisée.

Imagerie
forme nodulaire fibreuse/cavitaire : ne se distingue pas de la tuberculose.
forme nodulaire bronchectasique : petits nodules périphériques (image d'arbre en bourgeons) ; bronchectasies cylindriques focales, surtout lobe moyen et lingula ; distribution rapportée à une mauvaise clairance ciliaire résultat des anomalies anatomiques.
pneumopathie resssemblant à une PNPT d'hypersensibilité : infiltrats nodulaires diffus et plages en verre dépoli ; distribution centrolobulaire, centrée sur une bronche.

Bactériologie
Examen direct
	on doit examiner au moins 300 champs
Culture
	milieu liquide (Bactec)
		froid : MGIT (fluorescence) ; Bact'Alert
	milieu solide
		Colestos ; Löwenstein
On couple souvent les 2 méthodes
Résultats
	considérés comme négatifs si pas de pousse à 6 semaines
	dans certains cas on mène la culture à 3 mois
A consulter : bactériologie

Compte tenu de la forte probabilité d’une simple colonisation, on exige 3 prélèvements positifs avant d’envisager le diagnostic.

Les critères suivants concernent les patients symptomatiques porteurs de lésions infiltratives, nodulaires ou cavitaires, ainsi que ceux dont le scanner en haute résolution montre des dilatations des bronches multifocales et des micronodules multiples.
A.	Si 3 cultures de l'expectoration ou du lavage bronchique sont disponibles, pratiquées dans les 12 mois précédents :
	1/ 3 cultures positives avec des résultats d'examen direct négatifs
	ou
	2/ 2 cultures positives et un examen direct positif (un examen direct positif indique une charge bactérienne élevée : 5 à 10000 bacilles/mL)
B	Si seul 1 lavage bronchique est disponible
	culture positive avec examen direct positif à 2 (1-9 MNT/10 champs), 3 (1-9 MNT/champs) ou 4 croix (> 10 MNT/champs), ou un nombre de colonies sur milieu solide > 10 colonies par tube.
C.	Si les résultats de l'expectoration ou du lavage bronchique ne permettent pas le diagnostic, ou si une autre affection ne peut être exclue
	1/ une biopsie transbronchique ou pulmonaire montrant une MNT
	ou
	2/ une biopsie montrant des caractéristiques histopathologiques de Mycobactérie (inflammation granulomateuse et/ou des BAAR) et un ou plusieurs résultats d'expectoration ou de lavage bronchique positifs pour une MNT, même en petit nombre
MNT : mycobactérie non tuberculeuse ; BAAR : bacille acido-alcoolo-résistant
Réf : ATS mycobacterial diseases subcommittee, Griffith DE chairman. Diagnosis, treatment and prevention of of non tuberculous mycobacterial diseases. Am J Respir Crit Care Med 2007;175:367-416

Antibiogramme : peu de valeur car il n'existe pas de parallélisme entre l'efficacité clinique et in vitro des  antibiotiques sauf pour
MAC et clarithromycine ;
M kansasii et rifampicine ;
la résistance de ces germes à ces antibiotiques prédit l'échec du traitement.

Réf : Huchon G. Tuberculose et mycobactérioses non tuberculeuses. Encycl Med Chir (Elsevier, Paris), Pneumologie, 6-019-A-33, 1997, 20p

Diagnostic
Radiographie thoracique
Tomodensitométrie en l'absence de cavitation
Bactériologie (cf supra) : difficulté de différencier colonisation d'infection
Exclusion d'une autre pathologie comme la tuberculose

Évolution / pronostic
	Lente, sur plusieurs années
	résistance aux macrolides : 1/3 de décès dans l'année ; 50 % de décès dans les 2 ans
	mortalité à 3 et 5 ans de 27 % et 34 % respectivement en cas de "colonisation", et de 34 % et 40 % respectivement en cas d'infection ; M xenopi a un plus mauvais pronostic ; l'âge, le sexe et les co-morbidités jouent un rôle important dans le pronostic.
Traitement
	Toutes les infections ne nécessitent pas forcément un traitement
	Décision thérapeutique difficile compte tenu de
		difficultés du traitement ; il n'existe pas de traitement standard dont l'efficacité ait été démontrée dans ces infections
		fort taux de récidive à son arrêt
		bien peser les risques de la maladie (type, extension, micro-organisme en cause), le risque de toxicité des médicaments et les co-morbidités
	Objectifs thérapeutiques
		contrôler les symptômes
		ralentir l'évolution de la maladie (radiographie, bactériologie)
	Chimiothérapie chez les malades séro-négatifs pour le VIH
	Complexe M. avium :   pulmonaire     - nodules/DDB : clarithromycine (1000 mg) ou azithromycine (500 mg) + rifampicine (600 mg) + ethambutol (25 mg/kg) x 3/ semaine ; durée : jusqu'à négativation + 1 an     - cavitaire ou nodule/DDB sévère : clarithromycine (500-1000 mg) ou azithromycine (250 mg) + rifampicine (600 mg) ou rifabutine (150-300 mg) + ethambutol (15 mg/kg) ; traitement quotidien ; durée : jusqu'à négativation + 1 an   disséminée : clarithromycine (1000 mg) ou azithromycine (250 mg) + ethambutol (15 mg/kg) ± rifabutine (150-350 mg) ; traitement quotidien ; le traitement peut être arrêté à la disparition des symptômes Environ 40 % d'échec avec acquisition de résistances à la clarithromycine   adénopathies cervicales : chirurgie (90 % de guérisons) ; sinon chimiothérapie   prophylaxie : tous les malades dont le compte CD4 < 50/µl ; clarithromycine (1000 mg) ou azithromycine (1200 mg) ou rifabutine (300 mg) ; traitement quotidien M kansasii et szulgai : généralement bon répondeurs au traitement M. abscessus : pas de chimiothérapie prouvée efficace ; polychimiothérapie avec clarithromycine (1000 mg/j) ; chirurgie des lésions localisées M. xenopi : Environ 40 % d'échec sans notion d'acquisition de résistances à la clarithromycine M. malmoense : Environ 60 % d'échec (Research, 2003). Les intolérances médicamenteuses sont fréquentes, surtout digestives, et sont souvent contrôlées par une augmentation progressive des posologies sur plusieurs semaines.
	La corticothérapie peut être utilisée pour faciliter la récupération et/ou améliorer les échanges gazeux, en particulier dans les formes à type de pneumopathie d'hypersensibilité après éviction de la mycobactérie.
Critères de succés thérapeutiques
	contrôle (si possible disparition) des symptômes qui doivent s'être améliorés dasns les 3 à 6 mois après le début du traitement
	négativation des cultures qui doivent être contrôlées chaque mois pendant le traitement si possible ; sinon à 3, 6, 9 et 12 mois après le début du traitement
	le traitement doit être continué jusqu'à 12 mois après négativation des cultures et au maximum pendant 18 mois
	la guérison est affirmée lorsque les prélèvements restent négatifs 3 ans après l'arrêt du traitement
Critères d'échec thérapeutique
	pas d'amélioration clinique après 6 mois de traitement ou pas de négativation des cultures après 12 mois de traitement
	Chirurgie : lorsque la lésion est localisée, l'état général correct et le parenchyme de voisinage peu altéré. Elle peut être une alternative au traitement médical ou l'accompagner. Elle est indiquée en cas d'hémoptysie réfractaire ou récidivante, ou de nodule pulmonaire isolé.
	Abstention thérapeutique : à envisager devant les formes lentement progressives difficiles à traiter
Réf : Andrejak C, Lescure FX, Schmit JL, Jounieaux V. Diagnostic et traitement des mycobactérioses atypiques d'expression respiratoire. Rev Mal Respir 2011;28:1293-1309 ATS mycobacterial diseases subcommittee, Griffith DE chairman. Diagnosis, treatment and prevention of of non tuberculous mycobacterial diseases. Am J Respir Crit Care Med 2007;175:367-416 Glassroth J. Pulmonary disease due to nontuberculous mycobacteria. Chest 2008;133:243-51 Henry MT, Inamdar L, O'Riordain D, Schweiger M, Watson JP. Nontuberculous mycobateria in non-HIV patients: epidemiology, treatment and response. Eur Respir J 2004;23:741-8 Subcommittee of the Joint Tuberculosis Committee of the British Thoracic Society: Management of opportunist mycobacterial infections : Joint Tuberculosis Committee guidelinies 1999. Thorax 2000;55:210-8 Research Committee of the British Thoracic Society: First randomised trial of treatments for pulmonary disease caused by M avium intracellulare, M malmoense, and M xenopi in HIV negative patients: rifampicin, ethambutol and isoniazid versus rifampicin and ethambutol. Thorax 2001;56:167-72 The Research Committee of the British Thoracic Society. Pulmonary disease caused by M. malmoense in HIV negative patients : 5-yr follow-up of patients receiving standardised treatment. Eur Respir J 2003;21:478-82
Conflits d’intérêts : les auteurs n’ont pas transmis de conflits d’intérêts concernant les données publiées dans ce texte.